Em Agents of Mayhem, você assume o comando de uma operação sem limites contra a L.E.G.I.O.N. (League of Evil Gentlemen Intent on Obliterating Nations), uma organização de supervilões liderada pelo misterioso Morningstar.
O jogo se passa em uma versão futurista de Seul, na Coreia do Sul, que se tornou o domínio pessoal do Ministério do Orgulho da L.E.G.I.O.N., comandado pelo Doutor Babylon. Após os ataques globais da "Noite do Diabo", o mundo caiu sob o controle dessa cabala de gênios criminosos, e a única força capaz de detê-los é a agência M.A.Y.H.E.M. (Multinational Agency for Hunting Evil Masterminds)
