k-Mers

Bei der Verarbeitung von Zeichenketten (Strings) gibt es einen Trick, mit dem sich viele algorithmische Aufgaben schneller lösen lassen, nämlich die Verwendung von k-Mers, also kurzen Teilstrings einer festen Länge k. Das Video zeigt den Einsatz von k-Mers in verschiedenen Anwendungen der Bioinformatik. _Achtung: Leider ist bei der Aufzeichnung das Hauptmikrofone ausgefallen, so dass für dieses Video nur eine wenig gute Tonspur übrig geblieben ist._ 0:00 Einführung 2:11 Needleman-Wunsch vs. BLAST 6:24 k-mers 10:52 Anwendung1: Filtern 13:46 Filtern mit mehreren k-mers 17:57 Anwendung 2: Assembly 19:56 Overlap-Graph und de-Bruijn-Graph 24:45 Anwendung 3: Quantifizierung 29:14 Datenstruktur für k-mer Anzahl 31:25 k-mer als Zahl kodieren 40:57 inkrementelle Berechnung der k-mer Codes 43:38 Datenstruktur für k-mer Positionen 48:52 Fazit