Você joga como Morgan Lee, líder de um grupo heterogêneo de combatentes da resistência no planeta-prisão Sigma. Acostumado a abrigar os criminosos mais perigosos de todos os sistemas estelares conhecidos, Sigma agora está preso em uma quarentena perpétua após a descoberta da Substância – uma massa de nanobôs rebeldes em constante adaptação, infectados por uma forma de vida alienígena maligna. Uma geração depois, o planeta é controlado por diversas facções que lutam pela dominação. No início do jogo, Sigma é abalado por um evento sem precedentes: uma ruptura catastrófica da Substância dentro da única megacidade do planeta, que abriga não apenas condenados, mas também a administração de várias corporações que operam no planeta. Todos são prisioneiros agora. À medida que a situação se agrava e os sistemas tecnológicos que controlam a vida em Sigma começam a falhar, cada facção luta por si.
